შპს დამოუკიდებელი საერო გიმნაზია „შავნაბადა“ 1995 წელს დაფუძნდა. თავდაპირველად მისი სახელწოდება დამოუკიდებელი საერო გიმნაზია იყო, თუმცა 2000 წელს გიმნაზიას შავნაბადას წმინდა გიორგის მონასტრის საპატივცემულოდ მისი უწმინდესობის, საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქის ლოცვა-კურთხევით „შავნაბადა“ ეწოდა.  

საწყის ეტაპზე გიმნაზია  მოიცავდა მხოლოდ დაწყებით  საფეხურს და სკოლის პირველი კურსდამთავრებულები 2004 წლის ნაკადი გახლდათ. გიმნაზია „შავნაბადას“  დაარსების  მიზანი იმთავითვე  იყო, ქართველი მოზარდებისთვის  მაღალი ხარისხის დაწყებითი და საშუალო განათლების შეთავაზება  და დროის გამოწვევის შესაბამისი, ჰუმანიზმისა და დემოკრატიული ფასეულობების მატარებელი, ქვეყნის ინტერესების, ტრადიციებისა და ღირებულებების გამზიარებელი, კანონმორჩილი და ტოლერანტი პიროვნების აღზრდა. 

2015 წლის აპრილიდან გიმნაზიას ISO 9001 საერთაშორისო სერთიფიკატი მიენიჭა. გიმნაზია ,,შავნაბადა“ ორიენტირებულია, დაწესებული საერთაშორისო სტანდარტების მიხედვით შეინარჩუნოს სასწავლო პროცესის, მომსახურებისა და ინფრასტრუქტურის ხარისხი, მუდმივად იზრუნოს მის გაუმჯობესებაზე. 

2015 წლიდან გიმნაზია „შავნაბადაში“ ფუნქციონირებს სკოლამდელი განათლების ცენტრი, რომლის მიზანია მოამზადოს ბავშვი სკოლისათვის და ხელი შეუწყოს ბავშვის ფიზიკური, გონებრივი, ზნეობრივი და ესთეტიკური უნარების განვითარებას. 

გიმნაზია „შავნაბადა“ თანამედროვე ბაზითა და კეთილმოწყობით, ინფრასტრუქტურითა და  სამეცნიერო ლაბორატორიებით, ორიგინალური ბიბლიოთეკითა და სააქტო დარბაზით ქვეყნის მასშტაბით მიჩნეულია ერთ-ერთ საუკეთესო საგანმანათლებლო დაწესებულებად.